Sì Zinc (come anche SwfStudio ad esempio) supporta Flash 8, anzi Zinc nelle ultime versioni forse anche Flex 2 (e di consegenza il player 9).

Il fatto che i file siano nella stessa cartella può non essere sufficiente nell'exe creato da Jugglor, quindi cerca comunque se c'è qualche comando che ti restituisce il percorso dell'applicazione