Non credo che esista una soluzione al problema in questione, perché la maggior parte delle dll del .NET Framework ne referenziano delle altre, per cui l'intero Framework finisce con l'essere quasi un blocco unico, diviso in varie dll semplicemente per velocizzare il caricamento delle applicazioni che non fanno direttamente riferimento ad alcuni namespace di uso più raro. Inoltre non credo che Microsoft consenta la distribuzione del .NET Framework in forma diversa dall'eseguibile autoinstallante con cui te lo forniscono.