una cosa sul genere:
codice:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1" />
<title>Documento senza titolo</title>
<script language="javascript">
function convalidaForm(Qform) 
{
var conferma = false
if(Qform.email.value == ""){
alert("Campo obbligatorio")
return false;
}
conferma = true
if(conferma){
window.open('tuapaginapopup.php','Nomefinestra','parametri');
return false;
}
}
 
//-->
</script>
</head>

<body>
<form action="tuapagina.php" method="post" name="Qform" id="Qform" onsubmit="return convalidaForm(this);">
  <input name="email" type="text" />
  <input type="submit" name="Submit" value="Submit" />
</form>
</body>
</html>
In sonstanza quando richiami la funzione convalidaForm imposti la variabile conferma su false, una volta verificato che tutti i campi sono corretti, prima della spedizione del form reimposti la variabile conferma su true e apri la popup.
Poi nella popup dovrai inseire un pulsante che invii il form della pagina madre cosi:
codice:
<input name="conferma" type="button" id="conferma" onclick="window.opener.document.Qform.submit();window.close();" value="Conferma Azione...." />

P.S. con il blocco delle popup poresti avere dei problemi.