Se stoppi mysql 5 come servizio, puoi lanciare mysql 3 come applicativo (mysqld-nt).

Stoppare la versione 5 serve solo per poter utilizzare la stessa porta (3306) anche per la versione mysql 3. Potrebbero girare entrambe le versioni in contemporanea su porte diverse (come fa per esempio PAMPA di Andr3a) ma saresti costretto a modificare ogni volta la stringa di connessione al db negli script.

Ovviamente il database NON potra' essere lo stesso .... le strutture delle tabelle tra la 3 e la 5 sono "profondamente" differenti.