Infatti.
Siccome però MySQL 3 lo uso per un solo vecchio progetto, non voglio stare a smanettare più di tanto, mi va benissimo stoppare il servizio del 5.
Il mio problema era che il demone del 3 non partiva correttamente, poi ho scoperto che l'eseguibile va lanciato con l'opzione --standalone . Ora funziona perfettamente.

Grazie,
Gabriele.