Ciao

puoi usare le espressioni regolari in javascript che è comodo.

function Check()
{
//Definisco l'espressione regolare per il codice fiscale
var re = /^[A-Z]{6}[0-9]{2}[A-Z][0-9]{2}[A-Z][0-9]{3}[A-Z]$/;

//Prelevo il campo codice dalla form
var codice=document.GetElementById('codfis').value;

//Verifico la coerenza
if( ! re.test (codice) )
{
alert("Codice fiscale non corretto!");
return false;
}
}

Fai così anche per la partita iva, cambiando solo l'espressione regolare che diventa:

var re = /[0-9]{11}/;