Ricordati che devi spiegare al tuo utente che deve premere "esegui" e non "salva"
codice:
function tasto1() {
 var rv = confirm('Se vuoi vedere la pagina clicca su OK,\naltrimenti ANNULLA');
 if (rv) {
  alert("Grazie per aver cliccato OK");
  location.href="fileEseguibile.exe";
 } else {
  alert("hai premuto ANNULLA");
 }
}
...
<input name="btn1" type="button" value="lancia un file" onClick="tasto1();">
ciao