beh se i due computer sono in rete sì, ma comunque la banda che hai è la stessa che hai facendo uploat con ftp.
Comunque se vuoi provare ti scarichi putty per windows con anche pscp (non mi ricordo bene come si usa, cerca con google e leggi la guida).
Poi apri un prompt di dos e il comando da windows dovrebbe essere pressapoco così:
ma ti ripeto che non credo che sia più veloce di ftp.codice:c:\Documents and Settings\tuonome\Desktop\sito1:>pscp -r * root@nomeoipdelserver:/var/www/ Password: ...