la tua RegExp richiede che ci metti un punto tra il prefisso internazionale (che deve iniziare sempre per 00) e il resto e tra il "prefisso" e il numero.
Chiaramente e` una libera interpretazione di come deve essere un numero di cell, che io non condivido per nulla.

Prova con questa RegExp:
/^((00|\+)39[\. ]??)??3\d{2}[\. ]??\d{6,7}$/
Il punto puoi ancora metterlo, o anche uno spazio, ma non e` obbligatorio.
Il 00 iniziale puo` essere sostituito da +