Puoi aggiungere il parametro wmode come facevi prima, ma ti ricordo che non funziona con tutti i browser...
codice:
var mioflash = new FlashObject("nomefile", "nomefilmato", "larghezza", "altezza", "versione", "colore");
mioflash.addParam("wmode", "transparent");
mioflash.write("flashcontent");