L'include e` gestito lato server, quindi dipende dal tuo webserver come viene interpretato.
Quindi per quello stai tranquillo che non dipende dal browser.
Ma il codice che arriva al browser deve essere corretto e valido (esistono i validatori).

In una pagina ci puo` stare solo un <head> e un <body> (e sono ambedue obbligatori), quindi non possono stare nei pezzi di codice inclusi.