Ho risolto, con un pò di PHP...
Allora, questo è il codice del form:
Codice PHP:
<form action="magtest.php" method="get" name="signal">
<input name="link" id="link" type="text" class="text" value="">
<input name="byform" id="byform" type="hidden" value="hidata">

<input name="Submit" type="submit" class="pulsante" value="Submit"></form> 
laddove 'magtest.php' è il nome della pagina in cui si trova il form stesso. In pratica, aggiungo al form un valore nascosto che passo alla pagina, e che - ovviamente - quando la pagina viene richiamata da un link, o digitando direttamente l'URL, non c'è.
Quindi, nel tag <body> ho aggiunto questo PHP:
Codice PHP:
<body <? $dominio = $_GET["link"];
//qui metto la funzione che registra il dato nel db;
$ctrl = $_GET["byform"];
if ($ctrl == "hidata") {
    echo "return toggleMe('mylink'); MM_goToURL('parent','link.php'); return document.MM_returnValue; rel='ibox&height=500'";
}
?>">
Ora, tutto funziona.