Non ho ben capito cosa intendi però per quel che mi viene in mente posso scriverti che:

1. Al momento del download clicchi su 'Apri' e non su 'Salva' per cui il file non viene salvato sull'hd se non in una cartella temporanea;

2. Hai aperto il file .pdf e non sai come salvarlo; sulla barra degli strumenti di Acrobat Reader al momento dell'apertura dell'applicazione deve esserci l'icona di un floppy: cliccala e salva il fil .pdf sull'hd.

Per l'utente, basta zippare il file, caricarlo sul tuo spazio web in formato .zip e potrà liberamente scaricarlo.