1) probabilmente hai troppi programmi in avvio in esecuzione automatica e troppi servizi attivi

start>esegui>digita msconfig e nella scheda Avvio troverai tutti i programmi in esecuzione automatica, che in gran parte possono essere disattivati senza problemi. Personalmente l'unico programma in esecuzione automatica che ho è l'antivirus.

Per quanto riguarda i servizi, Start>esegui> digita services.msc e qui, con la dicitura Avviato, compariranno tutti i servizi di XP in esecuzione. Anche qua si può intervenire e disattivarne alcuni, ma l'operazione è più delicata perchè molti servizi sono indispensabili a XP per funzionare e altri sono legati da dipendenze reciproche. Ti consiglio di cercare in rete una buona "guida ai servizi di windows XP" oppure "ottimizzare windows Xp" (cerca in google), dopodichè effettua un punto di ripristino e inizia a lavorarci sopra CON ATTENZIONE!

2) i files di boot sono sempre in C:\ e precisamente il file interessato è boot.ini
Guarda nei thread in rilievo in questa sezione, troverai anche una guida al boot.ini
Comunque ti sconsiglio di unire le due partizioni, anche se un domani tu volessi eliminare windows 2000 e tenere il solo XP. Ogni computer dovrebbe sempre avere almeno due partizioni, una per i programmi e una per archiviare i dati, i files importanti, le immagini del disco salvate con Ghost o Drive Image, i backup, ecc...