Dipende da che tipo di portscanner usi, dal tipo di scan che segui, da come è configurata la tua rete. Insomma, dipende da diversi fattori.

Problema imputabile al sistema: se il port scanner che usi utilizza chiamate a SOCKET_RAW Windows XP sp2 ne inibisce l'utilizzo. Questo ad esempio accade con nmap se utilizzato con l'opzione -sS. Forse le ultime versioni hanno aggirato questo problema ma non sono informato a riguardo.
Problema imputabile alla tipologia rete: se utilizzi sistemi di port scanning esterni (come ad esempio questo: http://www.t1shopper.com/tools/port-scanner/) per scansionare le tue macchine anzichè vice versa ovviamente sarai impossibilitato in quanto, essendo tu NATtato, lo scanning verrà eseguito sul NAT e non sull'host da cui è materialmente partita la richiesta (italiano infelice a parte spero tu abbia capito).
I problemi possono essere molteplici se vi è un NAT davanti, dipendentemente dal tipo di scanning impiegato.
Se utilizzi uno scanning basato sulla connect() (il più classico, basato sul 3 way handshake) il NAT non dovrebbe cmq darti alcun tipo di problema.

Cerca di dare più info a riguardo.