Sei sicuramente più ferrato di me...
M'hai incuriosito e ho fatto una prova, dopo aver sbirciato nel manuale in linea di illustrator cs, creando un file con 15 livelli in Illustrator, ognuno con un quadrato ed esportando come dice il manuale con l'abilitazione di Maximum editability ottenendo un file di Photoshop CS composto da 15 livelli separati ognuno con un quadrato nella posizione da me messa...

Qui c'è un topic dove però sembra che ci siano probblemi tra CS2 e CS (io non avendo CS2 non posso sapere come o se effettivamente si creino probblemi...)

Ho provato l'esportazione 5 volte e il risultato è stato sempre corretto...
Non so che dire...
Forse è un difetto di programmazione, però non sono riuscito a trovare niente in merito... magari aggiornando il programma si risolve...
A chi ne sa più di me, l'ardua sentenza...