non è che ti consiglio coppermine (non sono nemmeno sviluppatore...), è solo che probabilmente ha le carte in regola Poi magari qualcuno qui sul forum è a conoscenza di altre soluzioni, più o meno adatte alle tue esigenze.

Applet java per far FTP? La poca roba che ho visto non funziona. C'è un client FTP scritto in java, j-ftp, che trovi su sourceforge.net che può essere lanciato via Java Web Start: chiederà di scaricare tutto il software necessario alla prima installazione (attorno ai 3 MB se non ricordo male), ma poi si aprirà con un semplice click sul link nella tua pagina web.