Che ne pensate di questo??
codice:
import java.lang.reflect.*;

....

public static void runApplication (String className, String[] arguments)
    throws ClassNotFoundException, NoSuchMethodException, InstantiationException,
           IllegalAccessException, InvocationTargetException
{
    Class c = Class.forName (className);

    Method m = c.getMethod ("main", new Class[] { String[].class });

    m.invoke (null, new Object[] { arguments });
}
Invocazione del main() di una classe tramite reflection!!