Scusa... il problema è spostare un file?
Se hai una condivisione SAMBA, e la directory condivisa la mappi, ad esempio, sul disco V:, non devi far altro che leggere il primo file (da locale o da V, quindi crearne un altro nella destinazione (su V: o locale, a seconda di che tipo di spostamento) e copiarci dentro i byte letti. Alla fine cancelli il file di origine.
Ad esempio, questo codice sposta un file da V: (condivisione SAMBA) a C: (locale):
codice:
try {
   // Leggo il file di origine e lo scrivo su quello di destinazione
   FileInputStream fis = new FileInputStream("v:\\fileOrigine");
   FileOutputStream fos = new FileOutputStream("C:\\fileDestinazione");
   byte [] buffer = new byte[fis.available()];
   fis.read( buffer );
   fos.write( buffer );
   fos.flush();
   fis.close();
   fos.close();

   // Quindi cancello il file di origine
   if (!(new File("v:\\fileOrigine")).delete() ) {
      System.out.println("Errore durante la rimozione del file di origine");
   }
} catch (Exception e) { e.printStackTrace(); }
Ciao.