Immagino che tu ne abbia più di uno, e che vuoi eliminare quelli superflui.
Vai su Pannello di controllo -> "Account utente". Seleziona il nome utente con il quale sei loggato e poi, sulla sinistra, clicca su "Gestisci password di rete". Da lì, cancella gli account che vuoi: ti si eliminerà anche la lista su Messenger.