1. prova ad aggiungere lo slash prima alla seconda url, così:
RewriteRule ^file/([^/]+).htm /file.php?id=$1

2. per fare la url parlante, usi gli indirizzi che ti ho scritto, più la stessa regola di riscrittura: così facendo passerai a id "5-tema-della-pagina" invece che solo "5".

fatto questo, devi recuperare 5 dalla stringa. lo puoi fare così:

Codice PHP:
list($id) = explode("-",$_GET['id']); 
nella variabile $id ti ritrovi l'id della pagina.

per la spiegazione delle funzioni:
http://it2.php.net/manual/it/function.list.php
http://it2.php.net/manual/it/function.explode.php