ho eseguito il programma sotto win passado il file per stringa e funziona, ma mi sai che nn hai fatto tanto i conti con la procedura che conta i caratteri, perchè gira all'infinito qui:

codice:
while(l!=null){
                l=l.toUpperCase();
                for(i=0;i<l.length();i++){
                    if(lettera(l.charAt(i))){
                        pos=l.charAt(i)-'A';
                        v[pos]++;
                        cont++;
                    } else
                        accentata(l.charAt(i));
                }
            }
questo è il codice riscritto

codice:
while(l!=null){
                l=l.toUpperCase();
                for(i=0;i<l.length();i++){
                    if(lettera(l.charAt(i))){
                        pos=l.charAt(i)-'A';
                        v[pos]++;
                        cont++;
                    } else
                        accentata(l.charAt(i));
                }
                l=fileInput.readLine();
            }