La classe fpdf non gestisce nativamente il codice html.
Sul sito fpdf.org trovi comunque tutorials e d estensioni per la classe in modo da far interpretare il codice html (molto essenziale, senza attributi e stili) alla classe.

Per la trasformazione del pdf in html più utile è HTML_topdf (www.rustyparts.org/pdf.php) ma ha poca documentazione e l' installazione prevede qualche rognetta dal punto di vista sistemistico (installazione ghostscript, html2ps, ps2pdf).