Ti spiego con esempio, il tuo css supponiamo sia nella root del sito... quindi:
codice:
http://www.tuosito.it/stile.css
Mettendo il rewrite tu crei un ipotetico url di questo tipo...
codice:
http://www.tuosito.it/bho/pagina
a questo punto il browser cerchera' il css nella cartella bho, che in realta' non esiste, il trucco e' mettere il percorso completo nel richiamo del css.... per fare questo basta mettere lo slash (/) davanti al path:

codice:
/stile.css
in questa maniera il css sara' cercato nella root e quindi al posto giusto....