devi mettere lo slash davanti al percorso con cui raggiungi il css da web, non importano le cartelle sul server.....

se vedi il tuo css con http://www.tuosito.it/cartella1/cartella2/main.css devi mettere :
codice:
 <link href="/cartella1/cartella2/main.css" rel="stylesheet" type="text/css" />