Se hai accesso in scrittura puoi editare quello relativo al demone ftp, ma questo ovviamente dipende dal demone. Se il demone è vsftpd, ad es, il file sarà /etc/vsftpd.conf e l'entry da modificare, se non ricordo male, "idle_timeout".
Devi anche vedere se hai permessi sufficienti (quasi certamente root) per riavviare il demone dato che finchè non lo riavvii le modifiche non verrano apportate.
Se sei impossibilitato in questo senso il mio consiglio resta sempre quello di operare lato client tramite NOOP.