un esempio pratico:
sulla sinistra vedi un layout simulato: ogni elemento sta su un layer differente; sulla destra vedi il layout pronto per essere tagliato (nascondo i layers che non mi interessano ed appiattisco gli altri) e bordate in rosso le sezioni che vado effettivamente ad utilizzare (per l'header, per il corpo e per il footer, via css: tutto il resto lo riproduco direttamente sul codice)
ma ci sono altre tecniche e molto dipende anche dal tipo di layout che vai a creare