Questo è una cosa che odio anche io ma non ce una soluzione univoca...
perchè windows tende a rallentarsi?
Semplicemente perchè lo usiamo, installiamo programmi, navighiamo, prendiamo virus, tentiamo di rimuoverli, quando disinstalliamo i programmi rimangono sempre traccie ecc...

Ti faccio una lista dei servizi che rallentano di più:
Service pack 1-2 è indispensabile ma rallenta il sistema
Framework 1-2 anche qui rallenta il sistema
.Net 1-2 idem
e così via molte pach di sicurezza rallentano.

Alcuni software molto pesanti tipo:
La famiglia di adobe (anche Acrobat reader per leggere i pdf)
Realplayer
quick time
Antivirus pesanti vedi Norton
Office rallenta pure

Se vogliamo ogni cosa rallenta il pc chi più chi meno...

Il mio consiglio è aver cura del proprio pc evitando di installare software inutili , fare manutenzione spesso (defrag,scandisk,pulitura disco).Così puoi migliorare ma non sarà mai come appena formattato perciò ogni tanto è necessario farlo.