Fare la differenza tra 2 SYSTEMTIME è una pessima idea, oltre che scomodo. L'ideale è convertire SYSTEMTIME in FILETIME (funzione SystemTimeToFileTime) e poi mettere il valore di FILETIME in un ULARGE_INTEGER e quindi fare delle normali operazioni matematiche a 64 bit.

Se devi prendere il tempo di sistema in 2 istanti diversi puoi anche evitare di usare SYSTEMTIME e prendere direttamente il tempo in FILETIME (funzione GetSystemTimeAsFileTime).