Premesso che (a costo di sembrare blasefmo) i front end in genere sono sempre fatti un po' male, io ho agito così:

-tasto destro sul tasto in questione > Edit Keysyms
-qui modifichi sapendo che:
Keysym5 (mod2) è il carattere che uscirà con la combinazione ALTGr
Keysym6 (mod3) è il carattere che uscirà con la combinazione ALTGr + SHIFT
[altro non so perchè non mi è servito, devi solo fare qualche prova con pazienza]
i caratteri ovviamente li devi cercare sulla lista un po' intuitivamente, gcircumflex per esempio restituisce ĝ, Gcircumflex dà Ĝ.

-Ho poi salvato il file di configurazione cliccando "Write Output", che ti salva il file xmodmap sulla tua home.