Scusa la mia (enorme) ignoranza, ma pur avendo fatto varie ricerche sul termine scope e provando a fare una funzione adatta, non sono riuscito ad arrivare una soluzione.
Ho abbozzato una cosa del genere, ma è ovvio che è sbagliata:
codice:
function relTransform() {
ancore=document.getElementsByTagName("a");

	function keepRef() {
			this.pathAssign=pathFile;
			this.mClick=function(){ la_mia_funzione(this.pathAssign) }
		}
for (i = 0; i != ancore.length; i++) {
	if(ancore[i].getAttribute("rel")=="il_mio_rel") { 
	pathFile=ancore[i].getAttribute("href");
	ancore[i].setAttribute("href", "#"); 
			ancore[i]=new keepRef;	
			ancore[i].onclick=ancore[i].mClick;

		}
	}
}

Ho provato a mettere obj come argomento di quella funzione, a levare new keepRef, come avevi fatto tu, ma niente