Prova in questo modo:
Codice PHP:
$string='aaaaaaaaaa bbbaaaccccc';
echo preg_replace('/([^\\W\\d])\\\\1+/e','"$1x".strlen("$0")',$string) ; 
Così come è messa scrive "lettera"x"lunghezza" e la sostituzione avviene solo per le lettere e per ripetizioni maggiori di 1.
Ovviamente se hai anche numeri nelle stringhe dovresti aggiungere dei delimitatori ai valori sostituiti.