Problema risolto. Non mi ero accorto di uno stupidissimo errore di sintassi.
Chiedo scusa per il disturbo. Ecco il codice corretto

<Script Language="JavaScript">
function modifica()
{
var divname = "prova";
isNS4 = (top.frames.destra.document.layers) ? true : false;
isIE4 = (top.frames.destra.document.all && !top.frames.destra.document.getElementById) ? true : false;
isIE5 = (top.frames.destra.document.all && top.frames.destra.document.getElementById) ? true : false;
isNS6 = (!top.frames.destra.document.all && top.frames.destra.document.getElementById) ? true : false;


if (isNS4) top.frames.destra.document.layers[divname].innerHTML = "Funziona";
else if (isIE4 || isIE5) top.frames.destra.document.all(divname).innerHTML = "Funziona";
else if (isNS6) top.frames.destra.document.getElementById(divname) .innerHTML = "Funziona";
}
</script>