codice:
<script type="text/javascript" language="Javascript">
function relTransform() {
	var ancore=document.getElementsByTagName("a");
	pathFile=new Array;

	for (i = 0; i < ancore.length; i++) {
		if(ancore[i].getAttribute("rel")=="il_mio_rel") { 
			pathFile[i]=ancore[i].getAttribute("href");
			ancore[i].setAttribute("href","#");

			// -> questo quello che devi aggiungere
			var ancora=ancore[i];
			keepRef(ancora,i)
		}
	}
}
// -> questo quello che devi aggiungere
function keepRef(obj,num){
	obj.onclick=function(){la_mia_funzione(pathFile[num]);return false}
}

//questa è per testarla
function la_mia_funzione(variabile) {
window.alert(variabile);
}
</script>
pathFile chiaramente deve diventare globale