andiamo per ordine

La firma NON puoi pretendere di inserirla. Io (cliente) ti commissiono il lavoro, ti pago, il fatto di farti mettere la firma è a mia discrezione. Quindi, anche se i rapporti non si compromettono, come nel caso che descrivi, posso fartela rimuovere. Ma questo è l'unico punto a tuo sfavore.

L'applicazione che hai personalizzato ha delle parti che sono riconducibili al tuo personale lavoro? In questo caso puoi richiedere la rimozione dei codici di tua proprietà (se li hai dati in licenza), naturalmente a patto che da contratto sia stato previsto. Se sei stato lungimirante chiedendo la firma di un contratto "ad hoc" hai degli assi in mano molto più "persusasivi" rispetto alla firma. Puoi infatti chiedere la rimozione dei codici... e questo richiederà ben altre spese per il tuo "ex" committente.

Se non hai contratti firmati in mano... rassegnati!