beh quello che dici non si può fare...

ogni directory ha dei permessi di lettura e scrittura per proprietario, gruppo, altri utenti

l'esecuzione di uno script php avviene tramite browser, e ogni operazione viene fatta da un utente (io uso ubuntu e l'utente in questione mi pare sia www-data).

se questo utente (www-data) non ha i permessi di scrittura sulla directory del server, io non potrò mai fare un chmod su dei file...in quanto non ho i permessi per farlo! Quindi io devo partire già dall'inizio con i permessi settati a 777 per far fare tutto a tutti (compresi i chmod)

dimenticavo, se l'applicazione potrà essere eseguita online, sul webserver online avrai sicuramente i permessi di lettura scrittura ed esecuzione del tuo script