con il codice di Xinod e completato con il replace
... forse puo' servire a qualcuno la ruotine completa

<script type="text/javascript">
<!--
function checkNum(fld)
{
var stringa=fld.value
replaced = stringa.replace(/\./g,''); // elimina tutti i punti

var replaced2 = replaced
replaced2 = replaced.replace(/\,/g,'.'); // sostituisce la virgola con il punto

var rex=/^\d+((\.|,)\d{0,3})?$/ // verifica non ci siano altri caratteri oltrei numeri
if(!rex.test(fld.value))
//if(!rex.test(replaced2))
{
alert('Formato importo errato! Inserire senza separatore migliaia e solo la virgola separatore decimali');
fld.value=''; // azzera la casella TextDueDec
replaced2=''; // azzera la casella TextVal
document.form1.TextDueDec.focus
}
document.form1.TextVal.value=replaced2 // replaced2 variabile con numero pronto per la scrittura nel DB
}
//-->
</script>

....
....
Questa text visualizza il numero come scritto dall'utente.

<input name="TextDueDec" type="text" id="TextDueDec" tabindex="1" onchange="checkNum(this)"