Mmmm effettivamente non ho capito del tutto ma se vuoi solamente confrontare l'array di caratteri puntato esiste la funzione strcmp definita in string.h senza dover fare il confronto su tutti gli indici dell'array, ecco un esempio:

codice:
#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <string.h>

typedef struct _prova{
        char *c;
} prova;

int main()
{
    prova a,b;
    a.c = (char*)malloc(20);
    b.c = (char*)malloc(32);
    strcpy(a.c,"primo");
    strcpy(b.c,"secondo");
    if(strcmp(a.c,b.c) == 0)
       printf("membri struttura uguali\n");
    else
       printf("membri struttura diversi\n");
    system("pause");
    return 0;
}