prova con un paio di if...

codice:
SELECT Des_Fattore_L5, Des_Fattore_L2, 
SUM(if(esercizio = 2005, Importo_Economico, 0) AS somma2005,
SUM(if(esercizio = 2006, Importo_Economico, 0) AS somma2006
FROM economici WHERE Centro_L5 LIKE '%$mioL5%' 
GROUP BY Des_Fattore_L5