qual'è il problema??
dovrai fare una cosa tipo:

for(int i=0;i<=lunghezzaSecondo;i++)
{
for(int j=0;j<=lunghezzaPrimo;j++)
{
if (primoarray[i].getid.compareTo(secondoArray[j].getid)!=0) {terzoarray.add(primoarray[i].getid);}
}
}

nella classe Tipo dovrai avere i metodi getter per ottenere il contenuto dei vari oggetti
getId

l'ho scritto di getto magari ha bisogno di qualche aggiustamento