Non ti vengono cancellati, ma un aggiornamento è perfettamente inutile, perché sul PC in questione è già installato Windows 2000, e di alcuni files vi è una versione più recente. Il mio consiglio è di creare un CD di Windows 2000 con SP4, altri hotfixes e IE6 integrati (tramite lo slipstreaming) e di reinstallare tutto da capo.