Quando scrivi:
Codice PHP:
for(i=0;i<array_rif.length;i++)document.form1.seconda.options[i]=array_rif[i]; 
la prima volta, document.form1.seconda.options[] ha 3 elementi, tutti riempiti con i valori giusti ..
ma ...
quando il codice di cui sopra gira la seconda volta (e questa volta per i che va da 0 a 1), tu riempi solo i primi 2 valori, mentre il trzo rimane quello che era prima!
In parole povere, devi riuscire a decrementare il numero di options, per le altre volte, altrimenti il comportamento è quello che hai detto.
HTH
Zappa