Semplicemente il GIF non ha tutte le tonalita di trasparenza che usa il componente ALIAS di Photoshop.. quindi se devi pubblicare su web fatti questa domanda:

1) mi serve davvero la trasparenza o posso mettere su photoshop lo sfondo ke avrei sul sito ( tipo un colore unico o un pezzo di grafica ritagliabile)?

Risposta e relative soluzioni:

NON MI SERVE LA TRASPARENZA X FORZA: allora mettici già lo sfondo che vuoi (un pezzettino naturalmente) e pubblicalo così.

MI SERVE LA TRASPARENZA X FORZA: prova ad usare un PNG che esporta bene la trasparenza (il migliore è il png24).. Però occhio che da dei problemi con l'html. Il PNG viene usato per flash. Infatti importando l'immagine su flash e poi esportando un bel SWF l'effettò è perfetto, ma io sinceramente preferisco la prima soluzione (meno complicata )

Queste sono possibili soluzioni, poi magari ne esisteranno altre, fin'ora non ho avuto problemi con queste 2.