senza entrare troppo nel tecnico (le due strutture sono molto diverse) la differenza tra reiserfs e ext3 sta soprattutto nella reattività/prestazioni.
ext3, derivato dal vecchio ext2 è per strutturazione più "pedante" : lavora direttamente sui dati ad ogni aggiornamento, quindi più lento soprattutto con l'aumentare dei dati da gestire.
reiserfs si basa invece su una struttura dati più moderna e più snella, l'aggiornamento in questo caso avviene solo sui metadata e non coinvolgono tutti i dati del disco, guadagnando in prestazioni.
a livello di performance ad uso domestico reiserfs è forse più adatto. le distro destinate ad uso server tendono invece a proporre l'ext3 di default.
Questa scelta a mio parere è influenzata molto dal solito motto "funziona quindi non si cambia".
in effetti entrambe i filesystem sono molto stabili.