1) Al momento della creazione di un nuovo file (Ctrl+N/Mela+N) in InDesign compare un pannello con delle impostazioni iniziali da dare:
a) Lascia come numero di pagine del documento 1 e spunta il primo flag affianco al numero delle pagine del documento per potere lavorare il file in pagina singola, anziché a pagine affiancate;
b) Imposta larghezza e altezza in mm (unità di misura che dovrebbe essere di default nel programma);
c) Non toccare la voce delle colonne (perché non ti serve);
d) Imposta tutti e 4 i campi che incontri ora (Margini/Margins) a 3 mm: puoi impostare anche solo il primo campo e poi premere l'iconcina della catena che si trova proprio lì a fianco ed automaticamente tutti gli altri campi rimasti verranno impostati come il primo.
Premi invio ed otterrai un'area di lavoro già pronta per la "bisogna".

2) High Quality Press è perfetto.

3) InDesign non è un programma vettoriale, è un software di impaginazione: quindi tu non puoi convertire le font in tracciati come faresti con Illustrator. Quando creerai il PDF ti devi assicurare di aver incluso tutti i font nel PDF.

4) Vallo a capire mò che vonno questi pé prova colore... probabilmente vogliono che gli includi un altro file al quale far riverimento per i colori (Tiff, Jpeg? Dovrebbero specificartelo loro), ma la cosa non ha molto senso: in teoria per "Prova Colore" a me hanno insegnato che si intende una autentica prova di stampa a colori con simulazione della stampa tipografica. Ed al giorno d'oggi, senza la necessità di farsi svenare con una cromalin , si può ottenere una buona prova colore facendosi stampare il file 1:1 con una moderna stampante digitale .

PS: visto il tipo di lavoro io non credo che tu sia davvero obbligato a lavorare con InDesign; nel senso che dovendo tu creare un'unica pubblicità per un giornale, e non avendo quindi necessità di generare un file multipagina, potresti impostare il tuo lavoro anche su un programma vettoriale (che dalle domande che hai posto mi sa che conosci meglio). I margini da 3 mm li fai usando le guide, ed invece di lavorare in RGB, imposti il tuo file in CMYK.