Ciao,
Ti scrivo qualcosa riferendomi solo ed esclusivamente a quella che è la mia esperienza personale in questo campo. Non sono un professionista, ma anch' io da un pò di tempo curo alcuni siti web e portali internet con un discreto successo.

1) Non dare per scontato che il cliente sappia cosa sia il SEO o conosca l' importanza delle tecniche di posizionamento. Di solito l' unica cosa che gli importa è ottenere maggiori visite e magari nuovi clienti quindi non sempre sono di aiuto nella scelta di keyword ecc.

2)Cerca di capire quali sono gli obiettivi da raggiungere e quanto sono disposti ad investire per la promozione del sito.

3)Cerca di ottenere pieno accesso al codice del sito web. Per ottenere dei risultati bisogna provare e riprovare e se ogni volta il tutto deve passare dalla web agency diventa tutto più difficile.

4)A volte per migliorare il posizionamento bisogna modificare anche un pò i contenuti, aggiungere o togliere frasi, parole ecc...... cerca di ottenere il massimo della libertà anche in questo campo.

5) Visto che tra te e il cliente ci sta la web agency, dovresti cercare di ottenere da loro delle garanzie circa i dubbi da te espressi nei punti 1 e 2.

6) 45 giorni non sono tanti, anzi sono pochi ! Google mediamente indicizza ogni 25 30 giorni e se non ottieni nessun risultato al primo giro, ti tocca aspettare. Anche lo scambio di link ha bisogno di un pò di tempo prima che porti realmente dei benefici.

Per quanto riguarda il pagamento, se dici di potercela fare, credo che il tuo lavoro debba essere pagato ( a meno di danni e bann del sito ). Non credo che farsi pagare per ogni click ricevuto sia un ottima idea. Primo perchè per chiavi non molto competitive una campagna di pay per click ha dei costi bassi ( con garanzia di posizionamento )
Secondo perchè molte visite non riesci a controllarle e magari perderesti dei soldi.
Proponi piuttosto una cifra per la top 10 e un bonus per tutte le prime posizioni che riesci a raggiungere. Cerca di ottenere una specie di contratto di abbonamento annuale per la manutenzione. Questo oltre che garantirti un rapporto di lavoro continuativo, ti permette di monitorare costantemente il tutto garantendo un buon posizionamento per tutto il periodo del vostro rapporto di lavoro.

Per ultimo - Fisco.
Premetto che non sono competente ma riporto tutto quello che è di mia conoscenza:

Pur non avendo partita iva, puoi racchiudere il tutto in un contratto di lavoro occasionale.
Nella tua richiesta devi considerare il 20% di ritenuta d' acconto che dovrà pagare il committente ( Esempio: 800 euro totali dei quali 160 sono di tasse ed il resto è per te ). ( Occhio a non fare il contrario ( esempio 600 euro per te + 20 % di tasse ). Il 20% va calcolato sul totale lordo.
Per quanto riguarda il 730 non preoccuparti. Se non super 5000 euro all' anno di entrate non devi dichiarare nulla ( basta il 20% che paghi ogni volta ). Nel caso in cui dovessi superarte i 5000 euro, ti devi scrivere alla " gestione separata dell' inps ( fai una ricerca su google e vedi un po') .

Ps: Accertati che la nuova finanziaria non abbia modificato queste regole.

In bocca al lupo