echo "<input type=\"Radio\" name=\"response[<?=$i%3;?>]\" value=1 checked> $row[$i]
";
$i++;
echo "<input type=\"Radio\" name=\"response[<?=$i%3;?>]\" value=2> $row[$i]";
echo "</td></tr>";
}

Qui qualcosa non torna: response[<?=$i%3;?>] è trattato come una stringa è chiaro che se i campi li chiami tutti response[<?=$i%3;?>] ti setta come checked solo l'ultimo

Meglio
echo "<input type=\"Radio\" name=\"response" . $i%3 . "\" value=2> $row[$i]";

Ma ancora non capisco bene, pova a postare l'html prodotto dalla pagina php