Puoi usare mencoder... E' il video encoder di movie player. Puoi farci praticamente cio' che vuoi, tagliare pezzi di filmato, cambiare formato, modificare la traccia audio, cambiare la luminosita', la velocita' etc etc etc
Il problema di mencoder e' trovare i parametri giusti... Ha un manuale immenso
Se vuoi qualcosa di grafico e molto piu' semplice da usare ti consiglio avidemux.