il file2.php lo usi solo per quella funzione?
se sì, dal mio punto di vista ti converrebbe eliminarlo e fare tutto in file1.php, modificando quindi anche l'action del form.

quindi ti dichiari la tua funzione query() dove vuoi e poi farai una cosa del genere:
Codice PHP:
<?php
if (isset($_POST) && sizeof($_POST)>0)
{
    $id_area=$_POST['id_area'];
    $id_pag=$_POST['id_pag'];
    echo query($id_area, $id_pag);
}
?>

così non può dirti che la funzione non esiste essendo nella stessa pagina...anche se prima facendo l'include non capivo perché ti dava quell'errore :master: