Non devi usare alert ma confirm, e se vuoi che non si ripeta ad ogni refresh della pagina devi mettere il tutto dentro una function

<script language="javascript" type="text/javascript">
function prova(){
if(confirm('Vuoi continuare?')==true){
window.location.href="pagina.htm";
}
}
</script>
e poi la richiami da un pulsante
clicca